สันตะปาปาไพอัสที่ ๙ เป็นสันตะปาปาที่ปกครองคริสตจักรยาวนานที่สุดในประวัติศาสตร์ ตลอดระยะเวลาเกือบ ๓๒ ปี ( ค.ศ. ๑๘๔๖-๑๘๗๘) ที่ดำรงสมณศักดิ์สันตะปาปา ทรงเผชิญกับวิกฤตการณ์ต่าง ๆ จากขบวนการของลัทธิเสรีนิยมและชาตินิยมในคริสต์ศตวรรษที่ ๑๙

มากที่สุด ในระยะแรก สันตะปาปาไพอัสที่ ๙ ทรงมีแนวคิดเสรีนิยมและเห็นใจพวกชาตินิยมอิตาลี แต่เมื่อเกิดการปฏิวัติ ค.ศ. ๑๘๔๘ (Revolutions of 1848)* ซึ่งมีผลกระทบโดยตรงต่อรัฐสันตะปาปา (Papal States) โดยฝ่ายปฏิวัติเข้ายึดครองกรุงโรมและสร้างความเสียหายอย่างมหันต์ให้แก่ทั้งคริสตจักรและประชาชนทั่วไป แนวคิดทางการเมืองของพระองค์ก็เริ่มเปลี่ยนแปลงและหันไปยึดแนวทางของฝ่ายอนุรักษนิยม อย่างไรก็ดี แม้จะทรงพยายามรักษาอำนาจอธิปไตยของรัฐสันตะปาปาแต่ก็ต้อง สูญเสียดินแดนไปในการรวมชาติอิตาลี (Unification of Italy)* ที่มีราชอาณาจักรปีดมอนต์-ซาร์ดิเนีย (Kingdom of Piedmont-Sardinia)* เป็นผู้นำใน ค.ศ. ๑๘๖๑ รัฐสันตะปาปาถูกรวมเข้ากับราชอาณาจักรอิตาลีที่จัดตั้งขึ้นใหม่ ต่อมาก็สูญเสียกรุงโรม ซึ่งเป็นดินแดนสุดท้ายในคาบสมุทรอิตาลีที่อยู่ในอำนาจอธิปไตยของสันตะปาปาให้แก่ราชอาณาจักรอิตาลีอีกในช่วงสงครามฝรั่งเศส-ปรัสเซีย (Franco-Prussian War ค.ศ.๑๘๗๐-๑๘๗๑)* สันตะปาปาไพอัสที่ ๙ ทรงต่อต้านรัฐบาลอิตาลี ปฏิเสธการเจรจา และจำกัดที่ประทับของพระองค์แต่ในพระราชวังวาติกัน จนได้ชื่อว่า “นักโทษแห่งวาติกัน” อย่างไรก็ดี พระองค์ทรงได้รับยกย่องว่าเป็นสันตะปาปาผู้นำในด้านจิตวิญญาณที่ประสบความสำเร็จมากที่สุดในการนำคริสตจักรเข้าสู่โลกสมัยใหม่ ทรงเป็นผู้วางรากฐานความเชื่อ ทฤษฏี และแนวปฏิบัติในคริสตจักรตลอดจนบทบาทของสันตะปาปาจนทำให้นาวาคริสตจักรผ่านอุปสรรคและคลื่นลมมรสุมต่าง ๆ ได้ด้วยดี

 สันตะปาปาไพอัสที่ ๙ ประสูติเมื่อวันที่ ๑๓ มีนาคม ค.ศ. ๑๗๙๒ ณ เมืองเซนีกัลเลีย (Senigallia) ในเขตมาร์ชแห่งอันโกนา (March of Ancona) ในครอบครัวขุนนางอิตาลี เป็นบุตรชายคนที่ ๔ ของเคานต์จีโรลาโม มัสตาอี-แฟร์เรตตี (Girolamo Mastai-Ferretti) และเคาน์เตสกาเตรีนา โซลัซซี (Caterina Solazzi) มีนามเดิมว่า โจวันนี มารีอา มัสตาอี-แฟร์เรตตี (Giovanni Maria Mastai-Ferretti) ในวัยเยาว์โจวันนีเป็นโรคลมชัก แต่เมื่อโตขึ้นก็มีอาการดีขึ้น เขาได้รับการศึกษาอบรมให้เป็นนักบวชที่สามเณราลัยในเมืองวอลแตร์รา (Volterra) และโรม ใน ค.ศ. ๑๘๑๔ โจวันนีมีโอกาสเข้าเฝ้าสันตะปาปาไพอัสที่ ๗ (Pius VII ค.ศ. ๑๘๐๐-๑๘๒๓) ที่บ้านเกิดหลังจากจักรพรรดินโปเลียนที่ ๑ (Napoleon I ค.ศ. ๑๘๐๔-๑๘๑๔)* ทรงปล่อยตัวสันตะปาปาจากการกักตัวในฝรั่งเศสตั้งแต่ ค.ศ. ๑๘๐๙ ในโทษฐานที่ไม่ให้การสนับสนุนนโยบายต่อต้านอังกฤษและระบบภาคพื้นทวีป (Continental System)* โจวันนีมีศรัทธาในสันตะปาปาไพอัสที่ ๗ อย่างมาก ซึ่งต่อมาเมื่อเขาได้รับการสถาปนาเป็นสันตะปาปา ใน ค.ศ. ๑๘๔๖ ก็ได้เลือกพระนามไพอัสมาใช้เป็นนามของตน ขณะเดียวกันสันตะปาปาไพอัสที่ ๗ ก็ทรงโปรดปรานเขาและทรงชื่นชมในความรู้เกี่ยวกับเทววิทยาของเขา ทรงแต่งตั้งให้เขาเป็นองครักษ์สันตะปาปา (Papal Noble Guard) ใน ค.ศ. ๑๘๑๔ แต่โจวันนีก็ไม่สามารถทำหน้าที่นี้ได้เมื่อเขาเกิดอาการชักจากโรคประจำตัว อย่างไรก็ดีสันตะปาปายังคงให้ความเมตตาและสนับสนุนเขาต่อไปและทรงยืนกรานว่าในการประกอบพิธีรับศีลมหาสนิทนั้นจำเป็นต้องมีนักบวชจากตระกูลมัสตาอีเข้าร่วมในขบวนพิธีด้วย

 เมื่ออาการลมชักบรรเทาลง ในเดือนเมษายน ค.ศ. ๑๘๑๙ โจวันนีก็ได้รับศีลบวชโดยสันตะปาปาไพอัสที่ ๗ ในกรุงโรม ต่อมาใน ค.ศ. ๑๘๒๓ และ ค.ศ. ๑๘๒๔ โจวันนีหรือสถานภาพใหม่คือ บาทหลวงมัสตาอี-แฟร์เรตตี ซึ่งมีพรรษาบวชได้เพียงไม่กี่ปีก็ได้รับการมอบหมายงานสำคัญจากสันตะปาปาให้เดินทางไปในฐานะผู้ช่วยสมณทูต (auditor) ประจำชิลีและเปรูตามลำดับ มีหน้าที่ฟื้นฟูและขยายบทบาทของคริสตจักรคาทอลิกในทวีปอเมริกาใต้ที่เพิ่งได้รับอิสรภาพและจัดตั้งระบอบการปกครองสาธารณรัฐได้ไม่นาน ประสบการณ์ดังกล่าวนี้จึงถือได้ว่าสันตะปาปาไพอัสที่ ๙ ทรงเป็นสันตะปาปาพระองค์แรกที่เคยมีประสบการณ์การเดินทางและการใช้ชีวิตในทวีป อเมริกาใต้หรือโลกใหม่ด้วย

 หลังจากสันตะปาปาไพอัสที่ ๗ สิ้นพระชนม์มัสตาอี-แฟร์เรตตียังคงมีบทบาทเด่นต่อไป สันตะปาปาลีโอ ที่ ๑๒ (Leo XII ค.ศ. ๑๘๒๓-๑๘๒๙) ทรงแต่งตั้งเขาเป็นหัวหน้าสถานพยาบาลซันมีเกเล (San Michele) ในโรมระหว่าง ค.ศ. ๑๘๒๔-๑๘๒๗ และผู้คุมพระธรรมวินัย (canon) แห่งมหาวิหารซันตามารีอา (Santa Maria) ในวีอาลาตา (Via Lata) ใน ค.ศ. ๑๘๒๗ ขณะที่มีอายุเพียง ๓๕ ปี เขาก็ได้รับตำแหน่งอาร์ชบิชอปแห่งสโปเลโต (Spoleto) ในสมัยสันตะปาปาไพอัสที่ ๘ (Pius VIII ค.ศ. ๑๘๒๙-๑๘๓๐) เมื่อเกิดการปฏิวัติ ค.ศ. ๑๘๓๐ (Revolutions of 1830)* ในดินแดนอิตาลีในปาร์มา (Parma) และโมเดนา (Modena) ซึ่งอยู่ใต้อำนาจการปกครองชองออสเตรีย พวกกบฏจำนวน ๔,๐๐๐ คน ได้หนีภัยการปราบปรามมายังเมืองสโปเลโต มัสตาอี-แฟร์เรตตีซึ่งเห็นด้วยกับการรวมชาติอิตาลีก็ให้ความช่วยเหลือฝ่ายกบฏ โดยให้ที่พักพิงและให้ค่าใช้จ่ายในการเดินทางกลับบ้าน การกระทำดังกล่าวนี้จึงสร้างชื่อเสียงให้เขาและได้รับการยกย่องว่าเป็น “นักเสรีนิยม” คนหนึ่งด้วยทั้งยังได้รับการสรรเสริญว่าเป็นผู้มีจิตใจโอบอ้อมอารีและมี วิสัยทัศน์กว้างไกล

 ใน ค.ศ. ๑๘๓๙ อาร์ชบิชอปมัสตาอี-แฟร์เรตตี ได้ย้ายไปปกครองสังฆมณฑลอีโมลา (Imola) ที่มีความสำคัญมากกว่า ในปีต่อมาสันตะปาปาเกรกอรีที่ ๑๖ (Gregory XVI ค.ศ. ๑๘๓๑-๑๘๔๖) ได้แต่งตั้งเขาเป็น “ว่าที่คาร์ดินัล” หรือ “คาร์ดินัลในใจของสันตะปาปา” (cardinal in pectore) ซึ่งมีผลในการนับอาวุโสในการดำรงตำแหน่งคาร์ดินัลอย่างเป็นทางการ และในปีรุ่งขึ้นได้ประกาศแต่งตั้งเขาเป็น “พระคาร์ดินัล” (cardinal priest) แห่งซันตีปีเอโตร (Santi Pietro) เมืองมาร์เซลลีโน (Marcellino) อย่างเป็นทางการ อาร์ชบิชอปมัสตาอี-แฟร์เรตตีคงปฏิบัติภารกิจเช่นเดียวกับที่เมืองสโปเลโตโดยทำให้ซันตีปีเอโตรเป็นศูนย์กลางของการศึกษา การพัฒนานักบวช และกิจกรรมการกุศลต่าง ๆ ทั้งยังใช้เวลาในการเยี่ยมเยียนนักโทษในที่คุมขังและจัดโครงการและ กิจกรรมต่าง ๆ สำหรับเด็กข้างถนน

 เมื่อสันตะปาปาเกรเกอรีที่ ๑๖ สิ้นพระชนม์ ใน ค.ศ. ๑๘๔๖ ขณะที่อุณหภูมิทางการเมืองในอิตาลีกำลังพุ่งสูงจากการเคลื่อนไหวของขบวนการรวมชาติอิตาลีนั้นจึงมีคาร์ดินัลจากดินแดนต่าง ๆ จำนวน ๔๖ คนจาก ๖๒ คนเท่านั้นที่เดินทางมาอิตาลีเพื่อประชุมร่วมกันในการเลือกสันตะปาปาพระองค์ใหม่ (conclave) ที่ประชุมคาร์ดินัล มีการแบ่งกลุ่มกันเป็น ๒ ฝ่ายคือ ฝ่ายอนุรักษนิยมที่สนับสนุนคาร์ดินัลลุยจี ลัมตรุสกีนิ (Luigi Lamtruschini) กับฝ่ายเสรีนิยมที่สนับสนุนคาร์ดินัลปัสกวาเล ตอมมาโซ จิซซี (Pasquale Tommaso Gizzi) และคาร์ตินัลมัสตาอี-แฟร์เรตตีในวัย ๕๔ ปี ในการลงคะแนนเสียงรอบแรกในวันที่ ๑๕ มิถุนายนไม่มีผู้ใดได้คะแนนเสียงตามเกณฑ์ และคาร์ดินัลมัสตาอี-แฟร์เรตตีได้รับคะแนนเสียงเพียง ๑๕ คะแนน จึงต้องจัดให้มีการลงคะแนนเสียงรอบสองอีกในวันรุ่งขึ้น ในการลงคะแนนเสียงครั้งที่ ๒ นี้ พวกเสรีนิยมและพวกสายกลางได้ผนึกกำลังกันเลือกคาร์ดินัลมัสตาอี-แฟร์เรตตี ต่อมาในวันที่ ๒๑ มิถุนายน สำนักวาติกันก็ได้จัดให้มีพิธีสมณาภิเษกคาร์ดินัลมัสตาอี-แฟร์เรตตีขึ้นเป็นสันตะปาปาไพอัสที่ ๙

 การขึ้นเป็นผู้นำคริสตจักรคาทอลิกของสันตะปาปาไพอัสที่ ๙ ได้สร้างความพึงพอใจให้แก่ชาวคริสต์ในหลาย ๆ ประเทศ รวมทั้งพวกโปรเตสแตนต์ในอังกฤษที่ชื่นชมแนวคิดเสรีนิยมของพระองค์และยกย่องให้เป็น “แสงสว่างแห่งสันติภาพและความก้าวหน้า” ทั้ง ๆ ที่พระองค์ยังไม่เคยแสดงบทบาททางการเมืองให้ประจักษ์มากนัก อย่างไรก็ดี สำหรับออสเตรียซึ่งปกครองดินแดนทางตอนเหนือของอิตาลีและมีปัญหากับขบวนการรวมชาติอิตาลีได้มีความพยายามที่จะยับยั้งการลงคะแนนเสียงเลือกตั้งสันตะปาปาไพอัสที่ ๙ ตั้งแต่แรก โดยเจ้าชายเคลเมนส์ ฟอน เมทเทอร์นิช (Klemens Fürst von Metternich)* อัครมหาเสนาบดีและเสนาบดีว่าการกระทรวงการต่างประเทศของออสเตรียพยายามจะสกัดกั้นพระองค์ไม่ให้เป็นสันตะปาปา แต่คาร์ดินัล ไกส์รุค อาร์ชบิชอปแห่งมิลาน (Gaisruck, Archbishop of Milan) ที่ถูกส่งมาเพื่อใช้สิทธิยับยั้ง (veto) อย่างเป็นทางการเดินทางมาถึงที่ประชุมช้าไป จึงทำให้การเลือกตั้งสันตะปาปาพระองค์ใหม่เป็นไปตามคะแนนเสียงของที่ประชุม

 หลังจากเข้ารับตำแหน่งผู้นำคริสตจักรแล้ว สันตะปาปาไพอัสที่ ๙ ทรงแสดงตนเป็นพวกเสรีนิยมโดยนิรโทษกรรมนักโทษทางการเมืองที่ถูกคุมขังในรัฐสันตะปาปา และทรงจัดตั้งสภาที่ปรึกษาซึ่งประกอบด้วยฆราวาสเพื่อให้คำแนะนำในการบริหารรัฐสันตะปาปา การกระทำของพระองค์ได้รับการยกย่องทั่วไปทั้งในนครนิวยอร์ก กรุงลอนดอน และกรุงเบอร์ลิน ในฐานะต้นแบบของนักปกครองสมัยใหม่ พระองค์จึงเป็นความหวังของพวกชาตินิยมอิตาลีที่ช่วยผลักดันและเคลื่อนไหวการปฏิรูประบอบการปกครองให้เป็นไปในแนวทางประชาธิปไตยและมีรัฐธรรมนูญเป็นกฎหมายสูงสุด รวมทั้งให้พระองค์เป็นผู้นำในการรวมชาติอิตาลีและทำสงครามปลดแอกดินแดนอิตาลีที่อยู่ใต้การปกครองของออสเตรียด้วย แม้แต่จูเซปเป การีบัลดี (Giuseppe Garibaldi)* นักชาตินิยมอิตาลีซึ่งมีบทบาทสูงในขบวนการอิตาลีหนุ่ม (Young Italy)* ที่มีเป้าหมายขับไล่ออสเตรียออกจากคาบสมุทรอิตาลีและรวมชาติอิตาลีก็ยังเคยมีจดหมายใน ค.ศ. ๑๘๔๗ ถึงสันตะปาปาไพอัสที่ ๙ แสดงเจตจำนงที่จะรับใช้และปกป้องพระองค์

 อย่างไรก็ดี เมื่อเกิดการปฏิวัติ ค.ศ. ๑๘๔๘ ซึ่งมีความรุนแรงไปทั่วยุโรป สันตะปาปาไพอัสที่ ๙ กลับทรงวางพระองค์เป็นกลางโดยอ้างว่าทรงอยู่เหนือความขัดแย้งต่าง ๆ ทางการเมือง ทั้งปฏิเสธที่จะสนับสนุนการทำสงครามอย่างเปิดเผยกับออสเตรียซึ่งเป็นประเทศคาทอลิก ดังนั้น ในไม่ช้าความนิยมชมชอบในพระองค์ในหมู่ชาวอิตาลีก็ค่อย ๆ เสื่อมคลายลงอย่างมาก อย่างไรก็ดี สันตะปาปาไพอัสที่ ๙ ก็ทรงพยายามที่จะกู้สถานการณ์ให้ดีขึ้นด้วยการติดต่อและอุทธรณ์ ต่อจักรพรรดิเฟอร์ดินานด์ที่ ๑ (Ferdinand I ค.ศ. ๑๘๓๕-๑๘๔๘)* ให้พระราชทานอิสรภาพแก่ดินแดนต่าง ๆ ในอิตาลีที่ออสเตรียมีอำนาจปกครอง แต่ถูกปฏิเสธ บรรดาพวกชาตินิยมอิตาลีซึ่งต่างหันหน้าไปพึ่งราชอาณาจักรปีดมอนต์-ซาร์ดิเนียเป็นผู้นำต่างกล่าวหาว่าพระองค์ไม่ทรงรักษาคำพูดและทรงเป็นปฏิปักษ์ต่อการรวมชาติ สันตะปาปาทรงพยายามแก้ไขปัญหาด้วยการแต่งตั้งเปลเลกรีโน รอสซี (Pellegrino Rossi) ซึ่งมีแนวคิดเสรีนิยมเป็นหัวหน้ารัฐบาลของรัฐสันตะปาปา แต่ในไม่ช้ารอสโซก็ถูกพวกปฏิวัติลอบสังหารเมื่อวันที่ ๑๕ พฤศจิกายน ค.ศ. ๑๘๔๘ และกองทหารรักษาพระองค์ชาวสวิสถูกปลดอาวุธ ส่วนสันตะปาปาก็ทรงถูกคุมพระองค์อยู่ในพระราชวังกวีรีนัล (Quirinal) แต่พระองค์ก็สามารถหลบหนีออกมาได้ โดยการปลอมพระองค์เป็นนักบวชธรรมดาและลี้ภัยไปยังเมืองกาเอตา (Gaeta) ในเนเปิลส์ซึ่งเป็นดินแดนส่วนหนึ่งของราชอาณาจักรซิซิลีทั้งสอง (Kingdom of the Two Sicilies) และทรงปล่อยให้กรุงโรมตกอยู่ในเงื้อมมือของพวกหัวรุนแรงและฝูงชน

 ในต้น ค.ศ. ๑๘๔๙ พวกเสรีนิยมได้เข้ายึดอำนาจในกรุงโรมและประกาศให้เป็นสาธารณรัฐพร้อมกับจัดตั้งรัฐบาล ชั่วคราว ขณะเดียวกัน กองทัพปีดมอนต์-ซาร์ดิเนียได้พ่ายแพ้ ต่อกองทัพออสเตรียอย่างราบคาบในเดือนมีนาคม ค.ศ. ๑๘๔๙ ซึ่งทำให้ความหวังของชาวอิตาลีที่จะให้ราชอาณาจักรปีดมอนต์-ซาร์ดิเนียเป็นผู้นำในการรวมชาติต้องสิ้นสุดลงไปด้วย อย่างไรก็ดี การต่อสู้ระหว่างชาวอิตาลีชาตินิยมกับกองทัพออสเตรียและกลุ่มอำนาจเก่าในดินแดนอื่น ๆ ก็ยังคงดำเนินต่อไป ดังนั้นสันตะปาปาไพอัสที่ ๙ จึงทรงเรียกร้องให้ออสเตรีย ฝรั่งเศสและสเปน ซึ่งเป็นประเทศคาทอลิกเข้าปราบปรามพวกกบฏเจ้าชายชาร์ล หลุยส์ นโปเลียน โบนาปาร์ต [ (Charles Louis Napoleon Bonaparte)* ซึ่งต่อมาเป็นจักรพรรดินโปเลียนที่ ๓ (Napoleon III ค.ศ. ๑๘๕๒-๑๘๗๐)*] ประธานาธิบดีแห่งสาธารณรัฐฝรั่งเศสที่ ๒ (Second Republic of France)* ซึ่งต้องการเสียงสนับสนุนจากพวกคาทอลิกภายในประเทศจึงส่งกองทัพมาปราบกบฏตามคำเรียกร้องของสันตะปาปา ในระยะแรกการีบัลดีซึ่งนำกองทหารมาช่วยพวกกบฏป้องกันกรุงโรมสามารถรบชนะกองทัพฝรั่งเศสได้แต่ต่อมาก็ต้องพ่ายแพ้เมื่อออสเตรียส่งกองกำลังมาสนับสนุนฝรั่งเศสก็สามารถเคลื่อนพลเข้ายึดกรุงโรมได้ในเดือนกรกฎาคมและฟื้นฟูอำนาจของสันตะปาปาไพอัสที่ ๙ ได้สำเร็จ

 จากบทเรียนของการปฏิวัติ ค.ศ. ๑๘๔๘ ที่สร้างความหายนะอย่างใหญ่หลวงต่อกรุงโรมและคริสตจักร โดยพระราชวัง โบสถ์วิหาร อาราม และสำนักชีถูกปล้นสะดมศิลปวัตถุจำนวนมากถูกทำลายอย่างจงใจและลักขโมย รวมทั้งมีการสังหารผู้บริสุทธิ์และข่มขืนสตรีซึ่งสร้างความหวาดกลัวไปทั่วรัฐสันตะปาปา มีผลให้สันตะปาปาทรงเปลี่ยนทัศนคติหรือความคิดทางการเมืองจากแนวเสรีนิยมเป็นแนวอนุรักษนิยม ทั้งยังก่อให้เกิดความร่วมมือทางการทหารกับต่างชาติอย่างแข็งขัน โดยทรงอนุญาตให้กองทัพฝรั่งเศสประจำการในกรุงโรมเพื่อคุ้มครองกรุงโรมต่อไปอย่างไม่มีกำหนดทั้งทรงย้ายที่ประทับจากพระราชวังที่กวีรีนัล ซึ่งอยู่อีกฟากของกรุงโรมมายังพระราชวังวาติกันซึ่งกลายเป็นที่ประทับถาวรของสันตะปาปาองค์ต่อ ๆ มาด้วย

 ส่วนการบริหารภายใน สันตะปาปาไพอัสที่ ๙ โปรดให้มีการปฏิรูปโครงสร้างของรัฐบาลและการคลังโดยให้ฆราวาสจำนวนครึ่งหนึ่งเข้าร่วมในคณะรัฐบาลด้วย ทั้งให้แบ่งการปกครองของรัฐสันตะปาปาออกเป็น ๑,๒๑๙ ชุมชน อย่างไรก็ดี “การปฏิรูป” ก็มิได้มีแนวทางเป็นประชาธิปไตยที่เป็นความต้องการของประชาชนในขณะนั้น เพราะยังคงมีลักษณะของการบริหารแบบวัดและอำนาจยังคงอยู่ในมือของนักบวชขณะเดียวกัน สันตะปาปาไพอัสที่ ๙ ก็ยังทรงพึ่งพาทหารต่างชาติมากขึ้นโดยใน ค.ศ. ๑๘๖๐ ทรงจัดตั้งกองกำลังอาสาสมัครสันตะปาปา ประกอบด้วยทหารชาวฝรั่งเศสฮอลแลนด์ (ซึ่งเป็นทหารอาสาสมัครส่วนใหญ่) เบลเยียม แคนาดา อังกฤษ และสหรัฐอเมริกา รวมทั้งชาวอิตาลีจากรัฐและเมืองต่าง ๆ ซึ่งสร้างความไม่พอใจให้แก่ชาวอิตาลีชาตินิยมที่ต้องการจะเห็นดินแดนของตนปลอดจากกองกำลังต่างชาติ นอกจากนี้ พระองค์ยังไม่ยอมอ่อนข้อหรือผ่อนปรนในการรักษาพระราชอำนาจ ซึ่งเชื่อกันว่าส่วนหนึ่งคงมาจากอิทธิพลทางความคิดของคาร์ดินัลจาโกโม อันโตเนลลี (Giacomo Antonelli) ราชเลขาธิการผู้มีศรัทธาในนิกโกเลาะ มากีอาเวลลี (Niccolò Machiavelli) นักทฤษฎีการเมืองในสมัย ฟื้นฟูศิลปวิทยา (Renaissance) เจ้าของผลงาน The Prince ที่ลือชื่อซึ่งสนับสนุนการใช้อำนาจเด็ดขาดในการปกครองเพื่อความอยู่รอดและเจริญก้าวหน้าของรัฐ ทั้งพระองค์ยังละทิ้งความร่วมมือกับพวกปัญญาชนและแนวคิดในการรวมชาติอิตาลีอีกด้วย

 ในช่วงทศวรรษ ๑๘๕๐ แม้เหตุการณ์การปฏิวัติ ค.ศ. ๑๘๔๘ โดยทั่วไปจะล้มเหลวและมีเพียงราชอาณาจักรปีดมอนต์-ซาร์ดิเนียที่เป็นดินแดนเพียงแห่งเดียวที่รัฐธรรมนูญมิได้ถูกยกเลิก แต่กลิ่นอายความต้องการรวมชาติของชาวอิตาลีก็มิได้จางหายไปด้วย กอปรกับปีดมอนต์-ซาร์ดิเนียได้เคานต์กามิลโล เบนโซ ดิ กาวัวร์ (Camillo Benso di Cavour)* นักชาตินิยมที่มีความสามารถและเฉลียวฉลาดมาเป็นนายกรัฐมนตรีใน ค.ศ. ๑๘๕๒ ปีดมอนต์-ซาร์ดิเนีย จึงกลายเป็นความหวังของพวกชาตินิยมอิตาลีที่จะเป็นรัฐผู้นำในการรวมชาติอิตาลีอีกครั้ง

 กาวัวร์ได้ดำเนินแผนการต่าง ๆ ในการรวมชาติอิตาลี ใน ค.ศ. ๑๘๕๔ ปีดมอนต์-ซาร์ดิเนียได้เข้าร่วมกับฝ่ายอังกฤษและฝรั่งเศสทำสงครามกับรัสเซียในสงครามไครเมีย (Crimean War ค.ศ. ๑๘๕๓-๑๘๕๖)* และทำให้ปัญหาการรวมชาติอิตาลีที่เกี่ยวข้องกับการเข้ามามีอำนาจปกครองของออสเตรียในดินแดนตอนเหนือเป็นที่รับทราบของที่ประชุมสันติภาพและได้รับความเห็นใจ ทั้งต่อมาใน ค.ศ. ๑๘๕๘ เขายังสามารถชักจูงให้จักรพรรดินโปเลียนที่ ๓ ที่ต้องการเผยแพร่พระเกียรติยศของราชวงศ์โบนาปาร์ต (Bonaparte)* สัญญาจะให้ความช่วยเหลือแก่ปีดมอนด์-ซาร์ดิเนียในกรณีที่เกิดสงครามกับออสเตรีย ใน ค.ศ. ๑๘๕๙ ปีดมอนด์-ซาร์ดิเนีย ซึ่งมีความเตรียมพร้อมในด้านต่าง ๆ เป็นอย่างดีจึงก่อสงครามกับออสเตรีย มีผลให้ดินแดนต่าง ๆ [ยกเว้นวินีเชีย (Venetia) ที่ยังอยู่ใต้การปกครองของออสเตรียต่อไป] และรัฐสันตะปาปา (ยกเว้นกรุงโรม) รวมตัวเข้ากับราชอาณาจักรปีดมอนด์-ซาร์ดิเนียและสถาปนาเป็นราชอาณาจักรอิตาลีสำเร็จเมื่อวันที่ ๑๗ มีนาคม ค.ศ. ๑๘๖๑ ณ รัฐสภาในกรุงตูริน มีพระเจ้าวิกเตอร์ เอมมานูเอลที่ ๒ (Victor Emmanuel II)* แห่งราชวงศ์ซาวอย (Savoy)* ได้รับสถาปนาเป็นกษัตริย์พระองค์แรกของประเทศ โดยที่สันตะปาปาไพอัสที่ ๙ ไม่ทรงสามารถจะทัดทานได้และต้องปล่อยให้รัฐสันตะปาปาที่มีอายุกว่า ๑,๐๐๐ ปีต้องสลายตัวลง เหลือเพียงแต่กรุงโรม ซึ่งมีทหารฝรั่งเศสช่วยคุ้มครองที่ยังคงรักษาอำนาจอธิปไตยได้ต่อไป

 อย่างไรก็ดี ในเวลาต่อมาสงครามเจ็ดสัปดาห์ (Seven Weeks’ War ค.ศ. ๑๘๖๖)* ระหว่างออสเตรียกับปรัสเซีย และสงครามฝรั่งเศส-ปรัสเซีย ( ค.ศ. ๑๘๗๐-๑๘๗๑) ทำให้อิตาลีสามารถผนวกวินีเชียและโรมได้ตามลำดับในกรณีหลัง สันตะปาปาไพอัสที่ ๙ ทรงพยายามรวมกำลังทหารต่อต้าน แต่ไม่สำเร็จ กองทหารอิตาลีสามารถเข้ายึดกรุงโรมได้ในเดือนกันยายน ค.ศ. ๑๘๗๐ และประกาศจัดตั้งโรมเป็นเมืองหลวงของประเทศ การรวมชาติทางกายภาพจึงสำเร็จสมบูรณ์ ขณะเดียวกันก็เป็นการสูญเสียอำนาจอธิปไตยเหนือดินแดนสุดท้ายในคาบสมุทรอิตาลีของคริสตจักรอีกด้วยสันตะปาปาไพอัสที่ ๙ จึงทรงเป็นสันตะปาปาองค์สุดท้ายที่ได้ครองอำนาจปกครองอาณาจักรหรือมีสถานะเป็นกษัตริย์ในทางโลกอีกด้วย ต่อมาในวันที่ ๑๓ พฤษภาคม ค.ศ. ๑๘๗๑ พระเจ้าวิกเตอร์ เอมมานูเอลที่ ๒ ทรงออกกฎหมายคํ้าประกัน (Law of Guarantees) เพื่อให้สิทธิแก่สันตะปาปาในการใช้วังวาติกันอย่างเสรี แต่ปฏิเสธที่จะให้สันตะปาปามีอำนาจอธิปไตยเหนืออาณาบริเวณทั้งหมดของวังวาติกัน พร้อมกับเสนอสิทธิในการส่งและต้อนรับทูตจากต่างประเทศและส่งสมณทูตจากสำนักสันตะปาปาไปยังประเทศต่าง ๆ ด้วยพร้อมกับถวายเงินอีกปีละ ๓.๒๕ ล้านลีร์ (lire) เพื่อเป็นค่าใช้จ่ายต่าง ๆ แต่สันตะปาปาไพอัสที่ ๙ ไม่ทรงยอมรับข้อเสนอดังกล่าว ซึ่งสร้างความร้าวฉานระหว่างรัฐกับคริสตจักรเป็นอย่างมาก สันตะปาปายังทรงประท้วงรัฐบาลด้วยการจำกัดที่ประทับเฉพาะในวังวาติกันเท่านั้น และเรียกพระองค์ว่า “นักโทษแห่งวาติกัน” อีกทั้งทรงประณามรัฐบาลอิตาลีที่เข้ายึดที่ดินและทรัพย์สินของคริสตจักรและทรงห้ามผู้นับถือนิกายโรมันคาทอลิกมีส่วนร่วมในการเมืองอีกด้วย

 การต่อต้านของสันตะปาปาก่อให้เกิด “ปัญหากรุงโรม” (The Roman Question) ที่สร้างความกระอักกระอ่วนและความอ่อนแอแก่รัฐบาลอิตาลี และความขัดแย้งดังกล่าวได้ดำเนินต่อไปหลังจากสันตะปาปาไพอัสที่ ๙ สิ้นพระชนม์ใน ค.ศ. ๑๘๗๘ เป็นเวลาติดต่อกันอีกกว่า ๕ ทศวรรษ การต่อต้านรัฐบาลอิตาลียังกลายเป็นแนวความคิดหลักและนโยบายของสันตะปาปาองค์ต่อ ๆ มาด้วย จนกระทั้งเบนีโต มุสโสลีนี (Benito Mussolini)* ผู้นำรัฐบาลฟาสซิสต์อิตาลีสามารถทำความตกลงระหว่างสันตะปาปากับรัฐบาล ค.ศ. ๑๙๒๙ (Concordat 1929)* หรือสนธิสัญญาลาเทอรัน (Treaty of Lateran) กับสันตะปาปาไพอัสที่ ๑๑ (Pius XI ค.ศ. ๑๙๒๒-๑๙๓๔)* เมือวันที ๑๑ กุมภาพันธ ค.ศ. ๑๙๒๙ ยอมรับเอกราชและอำนาจอธิปไตยของนครรัฐวาติกันที่มีอาณาเขต ๐.๔๕ ตารางกิโลเมตร และมีสันตะปาปาเป็นประมุข พร้อมจ่ายค่าทดแทนเพื่อชดเชยดินแดนที่รัฐบาลอิตาลีได้ยึดรัฐสันตะปาปาเมื่อมีการรวมชาติอิตาลีใน ค.ศ. ๑๘๗๐ จำนวน ๑,๗๕๐ ล้านลีร์ และให้คริสต์ศาสนานิกายโรมันคาทอลิกเป็นศาสนาประจำชาติอิตาลี

 อย่างไรก็ดี แม้สันตะปาปาไพอัสที่ ๙ ไม่ประสบความสำเร็จในทางการเมืองที่จะรักษารัฐสันตะปาปา ทั้งยังไม่เป็นที่ชื่นชมของพวกชาตินิยมทั้งในอิตาลีและนานาประเทศแต่ในด้านศาสนาและการเป็นผู้นำด้านจิตวิญญาณก็นับว่าพระองค์ทรงประสบความสำเร็จเป็นอย่างยิ่ง ทรงได้รับการยกย่องว่าเป็นสันตะปาปาพระองค์แรกของยุคใหม่และเป็นแม่แบบให้แก่สันตะปาปาองค์ต่อ ๆ มาในการขยายบทบาทของคริสตจักรในด้านต่าง ๆ ในช่วง ๓๒ ปี ( ค.ศ. ๑๘๔๖-๑๘๗๘) ที่ดำรงตำแหน่งผู้นำของนิกายโรมันคาทอลิกซึ่งนับว่ายาวนานที่สุดกว่าสันตะปาปาพระองค์ใดก่อนหน้านี้สันตะปาปาไพอัสที่ ๙ ทรงจัดตั้งเขตสังฆมณฑลและหน่วยงานธรรมทูต เพื่อเผยแผ่คำสอนกว่า ๒๐๐ แห่งทั่วโลก ซึ่งรวมทั้งในสหรัฐอเมริกาและอาณานิคมของอังกฤษ นอกจากนี้ยังทรงส่งเสริมให้นักบวชในนิกายโรมันคาทอลิกหลายประเทศ เช่น อังกฤษ ( ค.ศ. ๑๘๕๐) และเนเธอร์แลนด์ ( ค.ศ. ๑๘๕๕) ที่แยกตัวไปนับถือนิกายโปรเตสแตนต์ฟื้นฟูและจัดตั้งระบบการปกครองแบบคริสตจักรคาทอลิกอีกครั้ง ขณะเดียวกันก็ทำ “ข้อตกลงระหว่างสันตะปาปากับรัฐบาล” ของประเทศต่าง ๆ ทั้งรัสเซีย ( ค.ศ. ๑๘๔๗) สเปน ( ค.ศ. ๑๘๕๑) ออสเตรีย ( ค.ศ. ๑๘๕๕) และกลุ่มประเทศลาตินอเมริกา ( ค.ศ. ๑๘๕๒-๑๘๖๒) และสนับสนุนสหภาพคาทอลิกในดินแดนเยอรมันและปรัสเซีย ( ค.ศ. ๑๘๕๒) ทำให้อำนาจรวมศูนย์ของคริสตจักรเป็นที่ยอมรับและสถาบันสันตะปาปาเป็นศูนย์รวมของคำสั่งสอน (doctrine) ของศาสนาและอำนาจคริสตจักรทั่วโลก ทั้งพระองค์ยังทรงให้คำแนะนำและประสานงานกับนักบวชในระดับสูง (บิชอปและอาร์ชบิชอป) ที่สูญเสียอำนาจทางการเมืองในดินแดนต่าง ๆ อีกด้วย จึงช่วยให้การดำเนินงานของคริสตจักรเป็นไปอย่างมีประสิทธิภาพ

 ในเดือนธันวาคม ค.ศ. ๑๘๕๔ สันตะปาปาได้ทรงออกประกาศ “หลักเกณฑ์ที่ไม่จำเป็นต้องพิสูจน์ว่าด้วยความบริสุทธิ์” (Dogma of the Immaculate Conception) ของพระแม่มารีอา พระมารดาของพระเยซูคริสต์ว่าพระแม่มารีอา ทรงปฏิสนธินิรมลปราศจากซึ่งบาปแต่กำเนิด ทำให้ลัทธิบูชาพระแม่มารีอาเป็นที่ยอมรับและมีจุดยืนมากขึ้นทั้งยังเป็นการเปิดโอกาสให้มีการศึกษาทฤษฎีทางเทววิทยาแนวใหม่ ๆ ขึ้นอีกทำให้นิกายคาทอลิกที่เน้นการบูชาพระแม่มารีอาในฐานะเป็นผู้ไร้มลทินมีความเข้มแข็งมากขึ้น

 นับแต่ทศวรรษ ๑๘๕๐ เป็นต้นมา นานาประเทศในยุโรปได้เข้าสู่สมัยการปฏิวัติอุตสาหกรรม (Industrial Revolution)* ชาวตะวันตกเริ่มให้ความสนใจในความก้าวหน้าทางวิทยาศาสตร์ เทคโนโลยี และสินค้าใหม่ ๆ ขณะเดียวกันความก้าวหน้าต่าง ๆ ก็สร้างความหวั่นไหวให้แก่ผู้คนจำนวนไม่น้อยให้ตระหนักถึงการเปลี่ยนแปลงอย่างรวดเร็วในสังคม อองรี อามีแอล (Henri Amiel) นักประพันธ์ชาวสวิสถึงกับเขียนบรรยายความเกี่ยวกับการปฏิวัติอุตสาหกรรมว่าประโยชน์ใช้สอยจะเข้าแทนที่ความงาม งานอุตสาหกรรมแทนที่งานศิลปะ เศรษฐกิจและการเมืองแทนที่ศาสนา และคณิตศาสตร์แทนที่กวีนิพนธ์ นอกจากนี้ ยังเกิดงานเขียนด้านชีววิทยาที่สำคัญคือ Origin of Species ใน ค.ศ. ๑๘๕๙ ของชาลส์ ดาร์วิน (Charles Darwin) นักวิทยาศาสตร์ และนักธรรมชาติวิทยาชาวอังกฤษที่อธิบายว่า บรรพบุรุษของสรรพชีวิตซึ่งรวมทั้งมนุษย์อาจมีเพียง ๔-๕ ชีวิตเท่านั้นซึ่งเป็นที่มาของลัทธิดาร์วิน (Darwinism)* ที่มีอิทธิพลต่อแนวคิดในเรื่องกำเนิดของมนุษย์ในเชิงวิทยาศาสตร์และแนวคิดทางการเมืองในเวลาต่อมา ทั้งเป็นการลบล้างความคิดว่ามนุษย์เป็นผลงานของพระเป็นเจ้าดังที่ปรากฏในคัมภีร์ไบเบิลซึ่งถือว่าเป็นคัมภีร์ศักดิ์สิทธิ์ของคริสต์ศาสนิกชน

 ดังนั้น เพื่อยับยั้งแนวคิดต่าง ๆ ดังกล่าวและเป็นการสร้างเอกภาพทางความคิดให้แก่พวกคาทอลิก ในวันที่ ๘ ธันวาคม ค.ศ. ๑๘๖๔ สันตะปาปาไพอัสที่ ๙ จึงออกสมณสาส์น Quanta cura มีเนื้อหาประณามการปฏิวัติต่าง ๆ และลัทธิสังคมนิยมที่เป็นภัยและเป็นการคุกคามพระศาสนา พร้อมกับภาคผนวกชื่อ A Syllabus of the Principle Errors of Our Times ที่มีชื่อเสียงและมีอิทธิพลต่อชาวคาทอลิกในเวลาต่อมา ประกอบด้วยความผิดหลัก ๘๐ ประการเพื่อสาปแช่งแนวคิดทางด้านเศรษฐกิจ วิทยาศาสตร์ รวมทั้งการเมือง (ซึ่งทำให้รัฐสันตะปาปาต้องสลายตัวลงและลดบทบาทของคริสตจักรในคาบสมุทรอิตาลี) ที่ขัดต่อหลักปฏิบัติและความเชื่อที่มีมาแต่อดีต เช่น การจดทะเบียนสมรสที่อำเภอการจัดการศึกษาโดยรัฐแทนการให้คริสตจักรเป็นผู้จัดการ หรือดำเนินการ ต่อมา ระหว่างปลาย ค.ศ. ๑๘๖๙ ถึงกลาง ค.ศ. ๑๘๗๐ ก่อนที่กองกำลังอิตาลีจะเข้ายึดกรุงโรมในเดือนกันยายน ค.ศ. ๑๘๗๐ ในระหว่างสงครามฝรั่งเศส-ปรัสเซียได้มีการจัดการประชุมสภาคริสตจักรวาติกัน (Vatican Council) ขึ้นเป็นครั้งแรก มีการกำหนดกรอบหรือขอบเขตของเหตุผลกับศรัทธา ประณามการนับถือผี พวกวัตถุนิยม และลัทธิปฏิเสธพระเป็นเจ้า ให้ยึดมั่นคำสั่งสอนของศาสนาอย่างมั่นคงในส่วนที่เกี่ยวกับการปาฏิหาริย์ พร้อมกับออกแถลงการณ์ว่าด้วย “หลักความถูกต้องดีพร้อมของสันตะปาปา” (Doctrine of Papal Infallibility) ที่ให้อำนาจสันตะปาปาอย่างกว้างขวางและเป็นทางการซึ่งผ่านความเห็นชอบจากสภาด้วยคะแนนเสียง ๕๓๓ ต่อ ๒ โดยกำหนดว่าทุกอย่างที่สันตะปาปาทรงปฏิบัติหรือมีพระวาจาในเรื่องเกี่ยวกับศรัทธาและศีลธรรมให้ถือว่าถูกต้องสูงสุด และปราศจากข้อโต้แย้งใด ๆ อย่างไรก็ดี แถลงการณ์ดังกล่าวกลับก่อให้เกิดปฏิกิริยาจากคริสต์ศาสนิกชนทั้งคาทอลิกและโปรเตสแตนต์ในอิตาลีดินแดนเยอรมัน และฝรั่งเศส ซึ่งส่วนใหญ่เป็นพวกเสรีนิยมและชาตินิยมที่เห็นว่าท่าทีและแนวคิดของสันตะปาปาไพอัสที่ ๙ แสดงถึงโลกทัศน์ที่คับแคบและพยายามฟื้นฟูอำนาจของตนเองให้เหนือกว่าอำนาจของรัฐชาติ

 ในทศวรรษ ๑๘๗๐ แม้สันตะปาปาไพอัสที่ ๙ จะทรงมีพระชนมายุเกือบ ๘๐ พรรษา แต่ก็ทรงยืนหยัดต่อสู้กับปัญหาต่าง ๆ ที่รุมเร้าคริสตจักรอย่างเด็ดเดี่ยวและกล้าหาญนอกจากปัญหาที่รัฐบาลอิตาลียกกองทัพเข้าผนวกกรุงโรมเข้ากับราชอาณาจักรอิตาลีและตั้งเป็นเมืองหลวงซึ่งทำให้พระองค์ต้องกลายเป็น “นักโทษแห่งวาติกัน” แล้ว สันตะปาปายังต้องเผชิญกับ “คุลทัวร์คัมฟ์” หรือการต่อสู้ทางวัฒนธรรม (Kulturkamptf)* กับจักรวรรดิเยอรมัน (German Empire)* อีกด้วย หลังจากประสบความสำเร็จในการรวมชาติเยอรมัน (Unification of Germany)* ใน ค.ศ. ๑๘๗๑ ออทโท ฟอน บิสมาร์ค (Otto von Bismarck)* อัครมหาเสนาบดีได้ดำเนินนโยบายชาตินิยมและพยายามกำจัดอำนาจซ้อนของคริสตจักร โดยลดบทบาทและจำกัดสิทธิต่าง ๆ ของคริสตจักรทั้งในด้านการจัดการศึกษา การจดทะเบียนสมรสการสอนวิชาศีลธรรมและอื่น ๆ ที่เคยมีมาตั้งแต่อดีต รวมทั้งให้อำนาจแก่เจ้าหน้าที่รัฐในการจับกุม คุมขัง และเนรเทศ นักบวช นโยบายดังกล่าวนี้จึงเท่ากับสวนทางกับนโยบายของสันตะปาปาไพอัสที่ ๙ ที่ต้องการให้รัฐชาติต่าง ๆ เคารพในบทบาทของคริสตจักรที่มีมาในสังคมตะวันตกเป็นระยะเวลายาวนาน การต่อสู้ทางวัฒนธรรมในจักรวรรดิเยอรมันจึงเป็นสิ่งที่สันตะปาปาไม่อาจจะประนีประนอมได้ และมีผลให้เกิดการแตกแยกทางศาสนาในระดับหนึ่งในเยอรมนี ในวันที่ ๕ กุมภาพันธ์ ค.ศ. ๑๘๗๕ สันตะปาปาไพอัสที่ ๙ ทรงออกแถลงการณ์ในสมณสาส์น Qoud Numquam ประณามกฎหมายฉบับต่าง ๆ ของเยอรมนีที่ออกมาเพื่อต่อต้านพวกคาทอลิกและคริสตจักร ทั้งทรงประกาศให้เป็นโมฆะด้วยทำให้สถานการณ์ภายในเยอรมนีตึงเครียดขึ้นเพราะประชาชนจำนวนหนึ่งมีศรัทธาในนิกายคาทอลิกและเชื่อฟังสันตะปาปาทั้งการต่อสู้ทางวัฒนธรรมก็กลายเป็นเรื่องยืดเยื้อและดำเนินต่อไปหลังจากพระองค์สิ้นพระชนม์ใน ค.ศ. ๑๘๗๘ ท้ายที่สุด บิสมาร์คต้องหันมาประนีประนอมกับพวกคาทอลิกเพื่อลดแรงกดดันทางการเมือง โดยเฉพาะกับพรรคเซนเตอร์ (Centre Party)* ซึ่งเป็นตัวแทนของคาทอลิก เพื่อขอเสียงสนับสนุนในการดำเนินนโยบายต่าง ๆ ทั้งกิจการภายในและการต่างประเทศ

 สันตะปาปาไพอัสที่ ๙ “นักโทษแห่งวาติกัน” สิ้นพระชนม์เมื่อวันที่ ๗ กุมภาพันธ์ ค.ศ. ๑๘๗๘ สิริพระชนมายุ ๘๖ พรรษา ทรงครองตำแหน่งสันตะปาปาเป็นระยะเวลาร่วม ๓๒ ปี นับว่ายาวนานที่สุดในประวัติศาสตร์คริสตจักร ทรงได้รับการยกย่องว่าเป็นสันตะปาปาพระองค์แรกในโลกสมัยใหม่ของคริสตจักร ทรงเป็นผู้ริเริ่มโครงการต่าง ๆ จำนวนมากรวมทั้งการสร้างจุดยืนที่แข็งแกร่งให้แก่คริสตจักรทั้งในแง่ของทฤษฎีและการปฏิบัติ โดยเฉพาะการยืนยันอย่างหนักแน่นในสิทธิของคริสตจักรเหนือกรุงโรม ทั้งยังเป็นสันตะปาปาที่ชาวคาทอลิกทั่วโลกในคริสต์ศตวรรษที่ ๑๙ นิยมชมชอบมากที่สุด ขณะเดียวกัน การเพิกเฉยต่อการรวมชาติอิตาลีกับการสร้างปัญหากรุงโรมก็ทำให้ชาวอิตาลี ชาตินิยมไม่พอใจจนเป็นที่หวั่นเกรงกันว่าการสิ้นพระชนม์ของพระองค์จะทำให้สถาบันสันตะปาปาต้องพลอยสิ้นสุดลงไปด้วย ในวันที่ ๑๓ กรกฎาคม ค.ศ. ๑๘๘๑ ขณะมีการเคลื่อนพระศพจากมหาวิหารเซนต์ปีเตอร์ (Saint Peter) ไปยังซันโลเรนโซฟูโอรีเลมูรา (San Lorenzo fuori le Mura) ได้มีฝูงชนในกรุงโรมที่ต่อต้านพระองค์และนักบวชสำนักวาติกันพยายามจะเข้าชิงพระศพเพื่อโยนลงแม่นํ้าไทเบอร์ (Tiber)

 อย่างไรก็ดี แม้พฤติกรรมและนโยบายของพระองค์ที่ไม่ยอมออมชอมกับรัฐบาลอิตาลีจะถูกพวกชาตินิยมมองว่าเห็นแก่ตัวและไม่ยอมสละผลประโยชน์ของคริสตจักรให้แก่ชาติซึ่งยิ่งใหญ่กว่า แต่กาลเวลาก็พิสูจน์ให้เห็นว่าทรงสามารถปกป้องสถาบันสันตะปาปาที่มีอายุเก่าแก่คู่กับอารยธรรมยุโรปไว้ได้ ทั้งยังทำให้บทบาทของสันตะปาปาในฐานะผู้นำด้านจิตวิญญาณในโลกวัตถุเป็นที่ยอมรับในนานาประเทศทั่วโลก ใน ค.ศ. ๑๙๘๕ สันตะปาปาไพอัสที่ ๙ ทรงได้รับการยอมรับจากสำนักวาติกันอย่างเป็นทางการใน “บุญหาญ” (heroic virtue) ที่สถิตในพระองค์ ซึ่งเป็นก้าวแรกในการพิจารณาพระองค์ให้เป็นผู้มีบุญ ต่อมาในวันที่ ๓ กันยายน ค.ศ. ๒๐๐๐ สันตะปาปาจอห์น ปอลที่ ๒ (John Paul II ค.ศ. ๑๙๗๘-๒๐๐๕)* ทรงสถาปนาให้พระองค์เป็นบุญราศี (beatified) และกำหนดให้วันที่ ๗ กุมภาพันธ์ ซึ่งเป็นวันสิ้นพระชนม์ของพระองค์เป็นวันบุญราศรีสันตะปาปาไพอัสที่ ๙.